我国建设创新型国家，要以企业为自主创新主体，以市场为导向。这一举措如何落实?王文京建议:一是把财政专项扶持由考察企业的申报能力转向考察企业是否获得市场成功。市场成功是更全面、更科学的判断标准。二是选择国外同类产品尚未形成垄断地位、有前景的产品进行扶持。一旦国外产品形成垄断，我们即使投入再多也难有收效。比如目前办公软件、系统软件都遇到这个问题，希望国产管理软件不要再走这条路。三是加大对龙头企业的扶持，防止国外寡头企业的渗透。国外寡头企业占领中国市场的方法就是控股国内的龙头企业。政府应采取措施防止这种收购行为，保护自主创新骨干。四是除电子政务外，政府部门、国有企业信息化工程应尽量采用国产软件，以促进我国软件业的发展。软件要发展，关键在市场，要有应用环境。
王文京说，我国软件业已经打下很好的基础，关键是要给市场，如果国有企业信息化市场能实现政府采购，就是对国产软件的更大扶持。我国软件近三四年进步很快，应用层面的产品与服务能力已经基本能够满足国内需求，有的领域甚至超过国外同类产品。另外，国有企业的财务管理系统选用国外产品，可能危及我国经济安全。